HISTORIA:
Los hermanos Beto y Kika están caminando a la noche por las calles de Xochimilco pidiendo comida. Luego, Kika decide ir sola a la siguiente casa, asegurando volver con su hermano. Mientras ella pide golosinas, Beto es raptado por La Llorona y Kika debe volver sola a su casa
Luego de el enfrentamiento entre La Nahuala; Leo San Juan, El Alebrije, Don Andrés, Las calaveritas de azúcar y Teodora, se enfrentarán ahora a La Llorona, en Xochimilco.
Cuando estaban viajando en su globo, los atrapa una tormenta y esto provoca que Leo se caiga de él, mientras el resto llegan a la Isla de las Muñecas.
Leo cae en el bote en el que iba Kika y mientras trataba de ayudarlo, encuentra la carta que le escribió el Padre Tello. Así descubre quien es él. Entonces le pide ayuda para buscar a su hermano. Pero Leo cae del bote y se golpea con él. Así que Kika lo lleva a su casa para mantenerlo hasta que se mejore.
Mientras tanto, sus amigos estaban teniendo problemas en las Isla de Las Muñecas: Don Andrés quedó enredado con las cuerdas del globo, El Alebrije estaba perdido, al igual que las calaveritas de azúcar. En otra parte de esa isla, había un hombre que fabricaba muñecos, pero debido a los gritos de ayuda de Don Andrés, trata de interrumpir su trabajo. Hasta que el títere que lo controla, hace despertar a todos las muñecas y muñecos que estaban en las isla para que lo eliminen. Mientras que había un par que trataba de eliminar a las calaveritas de azúcar, creyendo que así serían coronados reyes.
Cuando las marionetas atacan a Don Andrés, sale del lago un monstruo que elimina a los muñecos. Ese monstruo resultó ser el alebrije que estaba cubierto de algas. Luego, Don Andrés y el alebrije destruyen a todos los muñecos malignos. Entonces, la casa donde vivía el hombre controlado por el títere, se transforma en un "monstruo gigantesco de madera." Pero utilizando el fuego del alebrije, logran destruirla y esta cae al agua. De ahí sale ese hombre, mencionando que no recuerda nada desde que vio aparecer unos muñecos que lo atacaban.
Cuando Leo despierta en la casa de Kika, él les explica que debe encontrar a sus amigos para enfrentar a la llorona. Entonces, la mamá de Kika le cuenta la leyenda: Se dice que el verdadero nombre de La llorona es Yoltzin. Tenía dos hijos. Como era una mujer sola, debía trabajar duro para vender las flores que ella cultivaba. Su generosidad, hizo que se ganara la simpatía de todos. Pero en una mala noche, en un descuido, su casa se incendió. Desesperada, salió del bote en el que venía para tratar de apagar el fuego, dejando a sus hijos en él. Cuando se dio cuenta, ya era demasiado tarde. Ellos cayeron por el canal y se perdieron. El pueblo entero buscó a los niños hasta que alguien lo logró. Yoltzin, se acercó a verlos y descubrió que habían muerto. Ella enloqueció de dolor, negando la muerte de sus hijos. Llena de sufrimiento, su vida se fue apagando. Tiempo después, cuando su historia se iba olvidando, se escucharon sus lamentos en las calles de Xochimilco. Se dice su espíritu había vuelto buscando a sus hijos, llevándose, en venganza, los niños de otras personas. Tratando de calmar sus penas, lo cual nunca logró. La llorona es un alma en pena.
Luego de la historia, la madre de Kika le ofrece ir a buscar a sus amigos al día siguiente, ya que ahora debía descansar. A la noche, cuando iban a cenar, Kika no encuentra a Leo en la habitación. Sólo había una nota en la que decía que fue a buscar a sus amigos.
El hombre que estaba con Don Andrés y el alebrije, les explica que las lágrimas de la llorona habían provocado que los muñecos cobren vida y lo ataquen haciendo que pecas, el muñeco que lo controlaba, se vuelva un ser maligno.
Mientras Leo estaba en el campo buscándolos y tratando de encontrar las pistas para enfrentar a La llorona, escucha unos ruidos similares a los de La llorona que provienen del bosque, pero resultó ser Kika quien le dijo que lo iba a ayudar. En el camino, Leo se da cuenta de que perdió su camafeo con la foto de su madre. Mientras lo buscan, Leo ve que está colgando de la mano de una mujer. Él se lo pide y la mujer se lo da. Cuando estaban por reembarcar el viaje, se dan cuenta de que esa mujer era La llorona, quien comienza a perseguirlos hasta el pueblo de Xochimilco. Ahí, ella agarra a Leo del brazo y comienza a absorberle el alma (lo cual, sólo lo hace con los que tratan de enfrentarla). Pero Kika lo defiende y logran escapar hasta esconderse en el techo de una casa. Allí, ella lo cura y Leo acepta ayudarla a buscar a su hermano Beto, en vez de sus amigos por dos razones: 1_ Sus amigos pueden cuidarse solos y 2_ Él estaba vivo, y ellos ya estaban muertos (eran fantasmas.)
Cuando bajan del techo, Kika salta y llega La llorona y la secuestra. Leo se siente decepcionado y decide buscar las pistas para que pueda acabar con el error e La llorona. En el camino se encuentra con Teodora, la fantasma que estaba dispuesta a humillar a Leo por no tener un plan. Leo le pide ayuda para eso, le dice que será la carnada para La llorona así a él no lo ve. Cuando Teodora llama su atención, La llorona comienza a perseguirla, mientras Leo entra a la iglesia donde se encuentran las tumbas de los hijos de Yoltzin. Dentro de ella ve a todos los niños que ella secuestró y cuando volvió La llorona, Leo vio que los está cuidando como si fueran sus hijos. Él se escabulle para sacar a Kika de ahí. Luego, La llorona descubre que la niña no está en su cama. Leo huye con Kika en los brazos, pero hizo ruido, lo cual despierta la furia de La llorona cuando se da cuenta de que él se la llevó.
Leo y Kika huyen por todo el subsuelo de la iglesia y se separan. Leo se da cuenta de que ahí están las tumbas de todos los niños que ella robó, entonces él comienza a buscar las de los hijos de Yoltzin.
Teodora siguió huyendo hasta toparse con Don Andrés, el Alebrije y las calaveritas de azúcar. Ella les explica que Leo está en la iglesia donde se encuentra La llorona. Los amigos de Leo suponen que necesitará ayuda, así que se embarcan hacia la iglesia.
Kika está distrayendo a La llorona, mientras que Leo logró encontrar las tumbas de sus hijos. Kika trató de defenderse de La llorona, pero ella se enfada y comienza a perseguirla. Leo la defiende, tratando de que Yoltzin vea las tumbas de sus hijos. Pero en vez de esto, La llorona lo agarra y lo lleva hasta lo alto fuera de la iglesia y comienza a absorber su alma. Los amigos de Leo ven esto y tratan de salvarlo, cuando él es arrojado por La llorona. Ella también había lastimado a Kika, dejando a ambos casi muertos en el suelo. Con sus últimas fuerzas, Leo llama su atención para que Yoltzin vea las tumbas de sus hijos. Cuando lo hace, por fin entiende y puede ver la luz, se arrepiente de lo que le hizo a Leo y a Kika y les devuelve la vida, Leo despierta y puede ver a Yoltzin con sus hijos y a su madre. Esto lo pone muy feliz, ya que no recordaba a su mamá desde hace mucho tiempo.
Cuando despierta, todos los niños que han sido secuestrados por La llorona pueden volver a sus casas. El horror de La llorona se ha terminado.
Cuando Leo, Don Andrés, Teodora, el Alebrije y las calaveritas de azúcar están por volver a casa, el espíritu del padre Tello aparece, anunciando que su amiga Xochitl ha sido secuestrada por las momias de Guanajuato y deben acabar con ellas.
ESTA PELÍCULA CONTIENE UN LINDO MENSAJE: ``NO HAY MAYOR REGALO QUE EL AMOR DE UNA MADRE, NI MAYOR PÉRDIDA QUE LA DE UN HIJO´´
La película es la secuela de la película ``La leyenda de la Nahuala´´ y le sigue la película de ``La leyenda de Las momias de Guanajuato´´
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